La vida académica de Rafael Alberto Méndez Romero se resume en sus estudios como matemático de la Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito; especialista en Matemática Aplicada de la Universidad Sergio Arboleda; máster en Modelización Matemática y Computacional, grado con el que obtuvo el Premio Extraordinario de Máster; y doctor en Investigación en Didáctica de las Ciencias Sociales, Experimentales y Matemáticas, título en el que recibió el reconocimiento Cum Laude y Premio Extraordinario de Doctorado de la Universidad de Valladolid (España).

Ha sido profesor de la Escuela y de otras instituciones de educación superior del país. También fue profesor colaborador honorífico de la Universidad de Valladolid, profesor investigador visitante en estancias doctorales y posdoctorales en Kennesaw State University (Estados Unidos), y profesor honorífico de la Universidad del Rosario.
En la Universidad del Rosario también se ha desempeñado como coordinador de pregrado en Matemáticas Aplicadas y Ciencias de la Computación, profesor principal de carrera en la Escuela de Ingeniería, Ciencia y Tecnología, y coordinador del Servicio de Matemáticas y del Servicio 4.0.
La participación del profesor Méndez en la Universidad del Rosario se destaca por su contribución al conocimiento de cómo, a partir de la ciencia, la tecnología, la ingeniería y las matemáticas, se pueden construir didácticas empáticas para mejorar experiencias de enseñanza y aprendizaje.