La Escuela cuenta con una estructura organizacional de Centros de Estudios adscritos a las Decanaturas. A cargo de estos Centros de Estudios están los Grupos de Investigación en los cuales se han definido líneas con sus respectivos objetivos y estrategias, que han permitido ordenar la actividad investigativa e impulsar el desarrollo y realización de diversos proyectos de investigación.
La Escuela cuenta con 17 grupos de investigación registrados y clasificados en Colciencias, los cuales desarrollan sus actividades de investigación básica y aplicada, y de innovación enmarcadas en los nueve sectores de desarrollo. Los programas, proyectos y productos de las actividades de los grupos de investigación se focalizan en las áreas de desempeño de mayor fortaleza de los mismos, en cada uno de los sectores de desarrollo del país, y se constituyen en la base para generar programas académicos de maestría y ofertas de cursos y seminarios de educación continuada.
Como apoyo a la gestión de la investigación y la innovación se cuenta con una Coordinación de Investigación e Innovación y con los comités de Investigación y propiedad intelectual.
